Noe mystisk skjer på Spooky Island. En superhelt på fire bein må redde verden. Verdens mest berømte grand danois er tilbake sammen med sine tobeinte venner for å løse et mysterium på det populære feriestedet Spooky Island. Vennene må bruke alle sine kunnskaper om overnaturlige fenomener - for å redde turistene, seg selv og verden ... For to år siden måtte selskapet Mystery Inc. stenge dørene etter intern krangling. Scooby-Doo, Fred, Daphne, Shaggy og Velma gikk hver til sitt etter lange og mange kamper mot overnaturlig kriminalitet. Nå blir de bedt om å komme til det skremmende populære feriestedet Spooky Island. Der har flere overnaturlige hendelser satt en støkk i de festglade ungdommene som er kommet for å kople av fra skolen med grønne drinker og noen gode grøss. Mest bekymret er eieren av Spooky Island, Emile Mondavarious (Rowan Atkinson!), som frykter konkurs hvis ungdommene ikke lenger tør å oppsøke det palmesusende paradiset. Scooby-Doo og vennene hans må legge feidene bak seg for å løse mysteriet som er det største og farligste de har opplevd. Hele verden er i fare, og da trengs en sulten superhelt på fire bein. Kort sagt, Scooby-Doo. Ruh-roh!